珠江所成功研发罗非鱼50K育种芯片“罗芯Ⅰ号”
更新时间：2025-08-07 15:24:26 来源/作者：中国水产科学研究院珠江水产研究所
近日，中国水产科学研究院珠江水产研究所特色淡水鱼健康养殖创新团队联合北京康普森农业科技有限公司，利用CAGT®靶向捕获测序技术，成功研发出具有自主知识产权的罗非鱼50K液相育种芯片-“罗芯Ⅰ号”。
罗非鱼是我国优势特色淡水养殖品种，也是出口创汇的重要水产品。当前产业面临种质混杂、无乳链球菌病高发、耐低氧与耐盐能力不足、体色不稳定等瓶颈，亟需精准的种质鉴定与高效选育。研发专用基因芯片、运用现代分子育种技术，已成为破解上述难题、加速新品种培育的重要路径。
“罗芯Ⅰ号”整合525尾尼罗罗非鱼的基因组重测序数据，经严格质控后保留50 890个高质量SNP，其中890个为经GWAS、KASP及SNPshot验证的功能性位点，覆盖无乳链球菌、海豚链球菌和罗湖病毒病抗性、耐低氧、耐盐、体色、游泳性能及生长等性状。此外，该芯片还整合了776条DNA指纹图谱重测序数据，通过内置40个高分辨率SNP，可准确区分我国国内养殖的尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、萨罗罗非鱼、莫桑比克罗非鱼、以色列红罗非鱼、中国台湾地区红罗非鱼等6个品种及7个选育品系。
验证结果显示，“罗芯Ⅰ号”位点平均检出率达97.6%，重复样本分型一致率99.8%，具有基因组覆盖全面、检测成本低、分型准确率高、稳定性好等优势。该芯片可应用于罗非鱼种质资源鉴定、遗传多样性评估、基因定位与挖掘鉴定、全基因组关联分析、分子辅助定向改良和基因组育种等不同场景，为罗非鱼遗传研究和品种选育提供高效基因型鉴定工具。利用该芯片，将来可进一步研发低密度芯片，降低选育成本，助力罗非鱼全基因组选育和良种创新研究，为罗非鱼种质资源保护与评估、全基因组选择育种、重要经济性状功能基因挖掘和新品种培育发挥重要作用，显著加速新品种选育进展。
“罗芯Ⅰ号”的研制得到国家特色淡水鱼产业技术体系育种技术与方法岗位（CARS-46）、广东省级乡村振兴战略专项资金种业振兴项目等资助。
图1 罗非鱼50K育种芯片
图2 “罗芯Ⅰ号”SNP分布
图3 “罗芯Ⅰ号”检测效果
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