淡水藻类分布十分广泛，从炎热的赤道至常年冰雪的极地、江河湖泊、塘堰坑凼、田块沟渠、湿地沙漠都有藻类的存在。淡水藻类共有9个门。

1.蓝藻门

蓝藻大约出现在距今33～35亿年前，遍布于世界各地。目前人们发现的蓝藻大概有2000种，我国有记录的蓝藻约有900种。

蓝藻门是最原始的藻类，细胞结构简单，有些特征与其它藻类有所区别，植物通体呈蓝色或蓝绿色，没有色素体，色素均匀地分散在细胞周围的原生质中。蓝藻没有真正的细胞核，有核质，但无核仁和核膜。色素有叶绿素a、β胡萝卜素等，同化产物是蓝藻淀粉（遇碘显淡红褐色）和蓝藻颗粒体。

（蓝藻水华）

据研究，蓝藻具有伪空泡，能够使蓝藻控制浮力，如果水体处于静止状态，蓝藻上浮至表层会阻碍其它藻类的光合作用；蓝藻还有固氮能力。因而，蓝藻在自然水体中容易形成蓝藻水华。在我国南方，几乎一年四季都可以看到由蓝藻形成的“水华”。容易形成水华的主要种类有：微胞藻、鱼腥藻、片藻、席藻、节旋藻、拟项圈藻、腔球藻、尖头藻、颤藻、节球藻等十几个属，常见种类很多。

蓝藻的部分种类可作为鱼类饵食，有的种类消化较差。微胞藻、鱼腥藻生长过盛时，在夜间要大量消耗水中的氧气；死亡后又会分解产生有毒物质，引起水生动物的疾病或死亡。因此，必须加强管理。蓝藻毒素有肝毒性、神经毒性、细胞毒性和皮疹毒素，因此，我们要注意防范，减少蓝藻水华的形成风险。

2.金藻门

金藻亦称金褐藻，金褐色，除含叶绿素外，尚含有较多的类胡萝卜素。单细胞游动的种类，无细胞壁，有细胞壁的种类，其组成物质主要为果胶。多具一或二根顶生的鞭毛（三根的少见），鞭毛等长或不等长。贮藏食物为油类和麦白蛋白。繁殖方法有断裂（群体种类）、分裂、产生游动孢子（无鞭毛的种类）；有性生殖少见，属同配结合。

（金藻类浮游植物及水华）

金藻多数分布在淡水，海水和咸水中也有分布。金藻在透明度大、温度较低、有机质含量少、pH=4～6的微酸性水、含钙质较少的软水中生活。一般在较寒冷的冬季、晚秋和早春等季节生长旺盛。

金藻门包括黄群藻属（合尾藻属）、锥囊藻属（钟罩藻属）、锥囊藻属、金枝藻属等。

黄群藻属藻体呈球形或椭圆形，是能运动的群体。黄群藻属约有10种。在小池塘和人工贮水池中生活，于晚秋、早春或冬季可大量出现。

锥囊藻属约有17个种，多数浮游生活于贫营养的淡水中，水中有机质多时就消失，有的种也生活在酸性泥炭水体中。已知有2个种属于海产。

金枝藻属本属约有3种。在池塘、湖泊和沼泽地等水中，附生于其它藻体上，是罕见淡水藻类。

金藻门浮游植物在透明度较大、有机质含量低的软水中，低温季节（早春和晚秋）大量繁殖，生长旺盛，对环境变化极为敏感，分布在水体的中下层占多数。

金藻类多数原生质裸露，是鱼、虾、贝类等的优质饵料，营养丰富，易于消化吸收。小三毛金藻在盐度稍高的内陆水体中大量繁殖，可引起鱼类的大批死亡；如果水质肥，三毛金藻很少发病。金藻大量繁殖也会形成以金藻为主的水华。

3.黄藻门

黄藻有单细胞体、群体、多细胞丝状体、多核管状体。细胞呈球形、椭圆形、纺锤形、圆柱形、三角形、四边形、棒形。运动个体具有2根不等长的鞭毛。黄藻门的藻体通常呈黄绿色或黄褐色。

色素体内含有叶绿素a、叶绿素c、β胡萝卜素和一种叶黄素。同化产物为脂肪、白糖素。

黄藻主产于淡水中，尤其常见于半流动较清洁的水中，比如软水湖和池塘。海水、半咸水中有极少数种类的黄藻。黄藻常常在早春或晚秋大量发生，大部分可做鲢鱼的优质饵料。丝状藻类有较厚的外面胶质层，鱼类不易消化。

4.硅藻门

硅藻基本上以单细胞体为主，体型多样，有圆形、多角形、纺锤形、S形、新月形、弓形、舟形、棒形等。少数种类为群体，有丝状、带状、星状、放射状等。硅藻细胞壁富含硅质，具有排列规则的花纹。硅藻的繁殖以细胞分裂为主，部分进行简单的有性繁殖。藻体通常呈黄绿色至黄褐色。色素体中含有叶绿素a、叶绿素C、β胡萝卜素、墨角藻黄素、硅甲藻素等。同化产物以脂肪为主。

硅藻类在各种水体中常能大量繁殖，种类繁多，在多种水体中一年四季多有优势种群，清塘消毒后硅藻最先形成优势种群，一般在春、秋两季出现高峰。硅藻类是鱼类和其它水生动物的重要饵料，是食物链中的重要组成成员。尤其在湖泊、水库大水面养殖水体中，硅藻的饵料意义更为显著。

5.甲藻门

甲藻多数为单细胞体，少数为丝状或单细胞联成群体。有球形、椭圆形、卵形、多角形等。有的种类细胞壁薄，有的种类厚，细胞壁上有沟，把细胞壁分隔呈夹片状。甲藻通常呈黄绿色或金黄褐色。

甲藻门藻类色素体中含有的色素有叶绿素a、叶绿素c、β胡萝卜素，四种叶黄素（环甲藻类、新甲藻素、甲藻黄素、硅甲藻素，其中前3种为甲藻门所独有的色素）等。淡水种类同化产物为油滴或淀粉。

甲藻的营养方式多种多样：大多数为自养型，也有些种类营腐生性或动物性或混合性营养。比如卵甲藻在草鱼苗种体表大寄生时称为草鱼打粉病。

甲藻的分布很广，在淡水、海水和半成水中均有，我国的淡水甲藻有15种。甲藻门中的隐藻类（现已独立分为藻类植物中的一个门）多见于淡水，是肥水养鱼中最常见的一个优势种类，也是淡水动物重要的天然饵料之一。

6.裸藻门

裸藻是一种有鞭毛、能运动的单细胞藻类，仅少数种类有胶质柄营固着生活。形态有纺锤形、圆形、椭圆形、卵形等。细胞裸露，无细胞壁，表质硬的可保持固定形态，表质软的细胞会变形。裸藻种类繁多，植物体内通常含有的色素为叶绿素a、β胡萝卜素、叶绿素b和叶黄素。同化产物为副淀粉（非水溶性多糖）。

裸藻主要分布在淡水中，特别是有机物多的静止小水体中最常见，温暖季节大量繁殖而形成水华。

裸藻过去被认为是一种不能消化的种类，目前研究认为，裸藻是白鲢易消化的食物。血红裸藻还是一种优质食物。有经验的渔民把池中裸藻出现作为水肥标志。以裸藻为优势种群的水体不适宜做鱼苗培育；pH值达到8.9的水体，裸藻大量繁殖，鱼、虾浮于水面。

7.绿藻门

绿藻类种类繁多，有单细胞体、多细胞体和群体、丝状体、管状体等，藻体呈绿色。

色素体中含有色素为叶绿素a、叶绿素b、α胡萝卜素、β胡萝卜素、叶黄素等。新叶黄素藻体常呈现的颜色为草绿色，这主要是由于叶绿素的优势掩盖了胡萝卜素和叶黄素。同化产物为淀粉。

绿藻类分布很广，地理分布多以温带为主。凡光线能达到而又潮湿的地方皆能生存，绝大多数种类分布在淡水中，江河、溪流、湖泊、池塘、沟渠都有分布。潮湿的树皮、墙壁上也可见绿藻生长。

绿藻类种类繁多，常大量繁殖形成优势种群，是水生动物经济鱼类的直接或间接饵料。丝状绿藻可作为鲤鱼、鲫鱼的直接饵料。但在鱼苗培育池，如果绿藻的丝状藻类（水网藻等）大量繁殖，常致使水质清瘦，影响其它浮游藻类植物的增长而成为不利因素，甚至危及鱼苗安全。

8.隐藻门

隐藻为单细胞藻类，大部分藻类无细胞壁，色素体有1-2个。隐藻门共有2个属：隐藻属和蓝隐藻属。隐藻的光合作用色素有叶绿素a、叶绿素c、β胡萝卜素等，同化产物为淀粉。

隐藻对温度的适应性极强，对光照也不敏感，无光条件下用异养方式生活相当长的时间。隐藻分布广泛，喜生于有机质和含氮丰富的水体；在传统的池塘形成优势种群，说明水质肥。隐藻是鲢鱼等的优质天然饵料。

9.轮藻门

轮藻是大型的沉水藻，多为淡水产，分布相当广，产量也较大。轮藻在植物界的地位比较特殊，无维管束，组织构造简单，但在外观上已有根、茎、叶的分化。轮藻的生长与繁殖方式同苔藓植物。

轮藻类为多细胞体，藻体大型，常在水中基质表面营固着生活。它们是周丛生物中的重要种类，是水体中多种水生动物的天然饵料。