中国水产科学研究院长江所发布首个圆口铜鱼高质量参考基因组图谱
更新时间：2025-01-24 09:59:34 来源/作者：中国水产科学研究院
近日，中国水产科学研究院湖库增殖渔业创新团队在圆口铜鱼种质资源鉴定和挖掘方面取得新进展，发布了首个高质量的染色体水平参考基因组。相关研究成果于2024年5月首次在国际权威公共数据库NCBI上公布，并于近日以《Chromosome-level genome assembly and annotation of largemouth bronze gudgeon （Coreius guichenoti）》为题在国际期刊Scientific Data（Q1，2023IF=5.8）在线发表。李学梅研究员为论文第一作者，朱挺兵副研究员为通讯作者。
圆口铜鱼（Coreius guichenoti）是长江上游特有的产漂流性卵鱼类。其是以动物性食物为主的杂食性鱼类，并具有强应激性、人工驯养易患小瓜虫病等特点，俗称“出水烂”。由于其味道鲜美、生长较快，历史上曾是产区的主要经济鱼类之一。近几十年来，受过度捕捞、水电开发、栖息地破坏等因素影响，该物种的种群资源急剧下降，濒临灭绝，已被列为国家二级重点保护野生动物。因此，保护其种质资源并防止种群衰退至关重要。目前，圆口铜鱼在繁殖与发育、食性、生理生化、人工繁育及应激缓解等方面已得到广泛研究。然而，关于其全基因组的研究却是空白的，制约了对其遗传资源的保护与充分利用。
团队利用PacBio 和 Hi-C 技术，对圆口铜鱼基因组进行了组装，首次获得了高质量的染色体水平圆口铜鱼参考基因组。该基因组的大小为1100.1 Mb，Contig N50为25.0 Mb，其中97.9%的序列被挂载到25条染色体上。该基因组共注释到731.0Mb的重复序列，以及22506个蛋白质编码基因。质量评估显示，该基因组的BUSCO评估值为96.2%。物种进化分析表明，圆口铜鱼与铜鱼亲缘关系较近，它们在约 2070 万年前从共同祖先分化而来。这些发现为圆口铜鱼适应性进化、优异种质基因资源挖掘、强应激和小瓜虫病易感机制等研究提供了重要数据。
该研究获得中国水产科学研究院基本科研业务费（2023TD61）、国家现代农业产业技术体系（CARS-46）和江西省重点研发计划（20223BBF61010）项目的资助。
研究论文全文下载地址为：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04416-y。
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